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En Mérida se han establecido casi la totalidad de las industrias del Estado. Se concentra la infraestructura y los servicios necesarios, suficientes para el desarrollo de este sector de la economía.

Al sur de Mérida se localiza la ciudad industrial "Felipe Carrillo Puerto" que alberga a las mayores industrias y cuenta con una superficie de aproximadamente 164 hectáreas y está dotada de todos los servicios, incluyendo espuelas de ferrocarril. Entre las industrias establecidas destacan por su importancia las siguientes: cemento, alimentos balanceados, aceites vegetales comestibles, artículos de plástico y la eléctrica que con sus dos plantas generadoras que aportan más del 50 por ciento al sistema interconectado peninsular. Hacia el norte de Mérida se encuentran la Siderúrgica y el parque para industrias no contaminantes en donde operan varias maquiladoras.
La industria metalmecánica se encuentra diseminada en la ciudad capital y adquiere singular importancia por ser la que provee de refacciones y piezas especiales a las industrias del sureste del país. Otra rama que ha sido muy dinámica es la del vestido, que inicialmente producía casi exclusivamente guayaberas; actualmente ha diversificado su producción y confecciona todo tipo de prendas de vestir, de calidad tal, que una parte se destina a la exportación.