En Mérida existen varias instituciones que ofrecen estudios de nivel preescolar, primaria secundaria y preparatoria entre las que destacan:

• Centro Educativo Piaget
• Colegio Peninsular Rogers Hall
• Grupo Montessori de la Ciudad de Mérida
• Instituto Cumbres
• Centro Educativo Montessori Lancaster
• Colegio Montejo
• Centro Universitario Montejo
• Colegio Joaquín Peón Aznar



Instituciones a nivel superior:

• Universidad del Mayab-ANAHUAC
• Centro Marista de Estudios Superiores
• Universidad Modelo
• Instituto Patria
• Centro Educativo Las Américas (CELA)
• Universidad Autónoma de Yucatán (UADY)
• Instituto Tecnológico de Mérida (ITM)
• Universidad Tecnológica Metropolitana (UTM)
• Universidad Pedagógica Nacional
• Escuela Normal Superior de Yucatán (ENSY)



Existen también centros de investigación como:

• Centro de Investigación Científica de Yucatán (CICY)
• Centro de Investigaciones Regionales Dr. Hideyo Noguchi, dependencia de la UADY
• Centro INAH Yucatán, dedicado a la investigación antropológica, arqueológica e histórica.